O Sistema de Gestão das APAs esta pautado na criação de Conselhos Gestors, que no caso do Estado de São Paulo, têm como base o Decreto Estadual nº 48.149, de 10 de Outubro de 2003.
Os Conselhos Gestores têm, entre suas principais atribuições, a elaboração e implantação dos Planos de Manejo que são instrumentos para a efetiva gestão ambiental da Unidade de Conservação.
O Conselho Gestor das APAs é um orgão consultivo, formado por no máximo 24 membros e no mínimo 12, de forma paritária entre a sociedade civil e o Estado.


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